去離子水設備也有一定的局限性

活性炭吸附對水中多種污染物有廣泛的去除作用。活性炭可以有效去除引起水中臭味的物質，（去離子水設備）如土臭素、2-甲基異獲醇(MB)等。對芳香族化合物、多種農藥等有很好的吸附能力。對許多重金屬離子，如汞六價鉻、鍋、鉛等也有較好的吸附效果。活性炭對水中致突變性物質有較好的去除效果，多項研究表明，致突變活性檢測為陽性的水經過活性炭吸附后致突變活性轉為陰性。美國環保局( USEPA)推薦活性炭吸附技術作為提高地表水水源水廠處理水質的實用技術。

但是活性炭吸附也有一定的局限性。對于三鹵甲烷類物質，活性炭的吸附容量較低，如果以三鹵甲烷穿透作為活性炭濾床運行周期的終點，炭床的再生周期一般只有3個月左右，而炭床吸附有機物的能力一般可以保持一年以上。活性炭對消毒副產物的前體物的去除作用也有限。試驗研究表明，飲用水處理中活性炭吸附去除的有機物的分子量主要分布在500-10u(道爾頓)之間，（去離子水設備）分子量過大的有機物無法進入活性炭的微孔吸附區，飲用水水源水中分子量較小的物質多含有較多的羧基、羥基等，分子的極性較強，因活性炭屬于非極性吸附劑，對極性分子的吸附作用較差。